有功功率为负数是由于其功率因数为负数即电流电压的相位角有误（根据P=1.732×U×I×cosφ，电流电压夹角的余弦值为负时P则为负数），说明保护的电流电压二次采样的接线有误，需要根据现场情况适当调整电流电压采样接线。